בית המשפט העליון דחה את עתירת מנהל מקרקעי ישראל לקיום דיון נוסף בפסק דין קודם, וקבע פעם נוספת בהחלטה מנומקת כי מנהל מקרקעי ישראל אינו זכאי לגבות דמי היתר מבעלי זכויות חכירה המבקשים לבנות בניה מסוג כלשהו במגרש השייך למדינה והמנוהל על ידי ממ"י; הזכות לגביית דמי היתר הינה בבסיסה זכות חוזית המתקיימת רק כאשר הדבר כלול בחוזה שבין הצדדים, דבר שלא מתקיים ברוב מכריע של המקרים. מדובר ב-דנ"א [דיון נוסף אזרחי] 7405/03 מנהל מקרקעי ישראל נגד בנייני ישקו ומקרקעין בע"מ ואברהם שגיב בע"מ, שופט: המשנה לנשיא א' מצא, פסק דין מיום ל' באב תשס"ד [17 לאוגוסט 2004].
יובהר כי מנהל מקרקעי ישראל נוהג להגיש חשבונות לגביית דמי היתר, לבעלי זכות חכירה המעוניינים לבנות ובשל כך זקוקים להסכמה [וחתימה] של המנהל. בשלב זה של ניסיונות האזרח להשיג את הרישיון לבנייה, הוא נוטה לכבד חשבונות בקלות יתירה כדי לא לעכב את תהליך הרישוי והתחלת הבנייה, מה גם שבדרך כלל מבחינה כלכלית עדיף לשלם את דמי ההיתר ולקבל את הסכמת המנהל לבנייה ללא דיחוי על פני התכתשות ממושכת ויקרה גם במקרה שבסופה דמי ההיתר לא ישולמו. כך קורה כי בשיטה זו נגבים כספים לרוב שלא כדין, כפי שמסתבר על פי פסיקה נחרצת של בית המשפט העליון, כולל פסק דין זה.
שתי המשיבות לעתירה הן חברות בנייה בע"מ אשר זכו במכרזי בנייה ושילמו דמי חכירה מהוונים והוצאות פיתוח. הן נדרשו לשלם גם דמי היתר אף על פי שבהסכמים לא נכלל תשלום זה, ולפיכך נפסק כי במצב דברים זה, מנהל מקרקעי ישראל מנוע מלגבות את דמי ההיתר. פסק דין זה נסמך על הלכת הוד אביב [ע"א 6518/98 הוד אביב בע"מ נגד ממ"י, פד"י נ"ה (4) 28], לפיה – "חוזה הפיתוח הסטנדרטי אינו מאפשר למינהל לדרוש דמי היתר בגין תוספות בנייה שבהן זוכה היזם". מנהל מקרקעי ישראל אמנם התייחס בעתירתו זו [דנ"א 7405/03] להלכת הוד אביב, וטען כי הלכה זו של בית המשפט העליון מקפחת אותו, אך בית המשפט קבע שטענה מסוג זה הייתה צריכה להיטען בדיון המקורי ולא במקרה אחר המנותק ממנו; הרי מנהל מקרקעי ישראל היה צד לדיון בפרשת הוד אביב, ולו רצה, יכל להגיש עתירה לדיון נוסף שם, דבר שלא מצא לנכון לעשות. המסר לציבור הוא, כי כאשר מאן דהוא נדרש לשלם דמי היתר למנהל מקרקעי ישראל בגין פעולת תכנון או בנייה כדי לקבל את הסכמת המנהל לבנייה המבוקשת, מוטב כי יבדוק האם דרישה זו מעוגנת בחוזה שנערך ונחתם בינו לבין המנהל. מוטב כי הדבר ייבדק בעיני מומחה, ואם הצגת הדברים תוך ציון וציטוט פסקי הדין לא תסייע, תהא דרושה תביעה משפטית.